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不管生物肥料的歷史如何，微生物制劑仍繼續向前發展。自20世紀80年代開始，人們以極大的精力關注著用于環境和農作物的生物肥料，其原因是這類產品能有效地解決存在的一些問題，特別是無公害和消除環境的污染。因此，要研制出一種既具有肥料功能，又具有消除環境污染的能力，就十分困難。其難點在于：（1）一種微生物具有提供植物營養功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物質的基因）。要實行基因轉移十分困難，還要巨大的投資。（2）土壤污染物種類很多，現已有105種以上的物質對環境造成了污染。這些污染物結構和化學成分各不相同，所以不可能用105種微生物混合一起來做成制劑。基因轉移更難以達到；（3）生物殺蟲劑和生物除莠劑等的原理和菌種差異十分巨大，原則上為一菌一種用途。所以只能制成單一的菌劑。而且發揮作用的時間較長。（4）生物肥料中的菌劑有些不是典型的土壤微生物，當其制成菌劑施入土壤后難以成活，而且在使用前通常也只能保持3個月的貨架期。

         有機肥俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。主要是以供應有機物質為手段，借此來改善土壤理化性能，促進植物生長及土壤生態系統的循環。

堆肥：各類桔稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，按比例相互混合或與少量泥土混合進行好氧發酵腐熟而成的一種肥料。漚肥：漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進行發酵而成.廄肥：指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料.沼氣肥：在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣。綠肥：利用栽培或野生的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。作物秸稈：農作物秸稈是重要的肥料品種之一，作物秸稈含有作物所必需的營養元素有N、P、K、 Ca、s等。在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。純天然礦物質肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣、天然硫酸鉀鎂肥等沒有經過化學加工的天然物質。此類產品要通過有機認證，并嚴格按照有機標準生產才可用于有機農業。餅肥：菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。泥肥：未經污染的河泥、塘泥、溝泥、港泥、湖泥等。