分體插入式電磁流量計的安裝與調試比其它流量計復雜，且要求更嚴格。變送器和轉換器必須配套使用，兩者之間不能用兩種不同型號的儀表配用。在安裝變送器時，從安裝地點的選擇到具體的安裝調試，都必須按照產品安裝使用說明規范操作。因此在使用過程中，要特別注意外界環境的不良因素對于分體式電磁流量計測量狀況的影響。
1、電源問題。
由于分體插入式電磁流量計要外接電源，造成室外安裝不方便，也限制了分體式電磁流量計在郊區管網的使用。另外，分體式電磁流量計不自帶電源，一旦斷電，將造成用作結算水表的流量計數據缺失，這樣對其斷電時段缺失水量的計量與推算也就提出了新的問題，一般供水企業與用戶都是個案商量處理，增加了不少工作量。若分體式電磁流量計能自帶電源，就能從根本上解決這一問題，也將促進其在結算水表中的推廣應用。而現在都可以使用鋰電池供電，解決了這個問題
2、防雷問題。
不管是結算水表還是區域計量的分體式電磁流量計，在較為空曠的郊區，特別是在雷雨天氣覆蓋面積較大的地區，分體式電磁流量計的防雷是一個比較嚴峻的考驗。在嚴格做好接地、電源保護后，在空曠地區安裝的分體式電磁流量計被雷擊的概率還是很高。所以簡單有效的辦法是提高流量計自身的防雷性能，如不能根本性解決，則應對其內部電路進行分離保護，這樣即使雷擊損壞，也能降低更換成本